Seksi Tindak Pidana Khusus dalam melaksanakan tugasnya terdiri oleh 2 subseksi yaitu :

a. Bidang Penyidikan
Melakukan penyidikan dengan cara mengumpulkan keterangan saksi-saksi, keterangan terdakwa dan mencari alat bukti yang mendukung untuk pembuktian di persidangan, serta melengkapi administrasi berkas perkara hingga berkas perkara dinyatakan lengkap (P-21).

b. Bidang Penuntutan
Melakukan pengawasan dan mengendalikan perkara sejak berkas perkara dinyatakan lengkap (P-21) sampai dengan perkara memiliki kekuatan hukum tetap, melakukan pemeriksaan tambahan, penghentian kegiatan penuntutan, pengajuan upaya hukum dan melaksanakan penetapan hakim dan putusan lepas bersyarat dan tindakan hukum lainnya.